Lernende besitzen beim Umgang mit Simulationen diverse Probleme (de Jong, 2006; de Jong und van Joolingen, 1998):
Wahl der Eingabevariablen und Hypothesenformulierung: Lernende haben zum Beispiel Schwierigkeiten, die richtigen bzw. relevanten Eingabevariablen auszuwählen. Auch die Formulierung
von überprüfbaren Hypothesen fällt ihnen schwer (Njoo und de Jong, 1993).
Herstellung von Simulationszuständen: Lernende konfrontieren sich selbst häufig nur mit Zuständen innerhalb der Simulation, die sie bereits verstehen (Eysink,
Dijkstra und Kuper, 2001).
Schlussfolgerungen ziehen: Zudem ziehen sie gelegentlich die falschen Schlussfolgerungen aus den mittels Computersimulationen durchgeführten Experimenten
(Klahr und Dunbar, 1988).
Bezug zwischen Hypothesen und experimentellen Daten: Lernenden misslingt es außerdem, ihre Hypothesen und die experimentellen Daten miteinander in Beziehung zu setzen, da ihre
ursprüngliche Hypothese häufig selbst dann beibehalten wird, wenn die Daten dieser widersprechen (Dunbar, 1993).
Vorgehensweise beim Experimentieren: Darüber hinaus bereitet den Lernenden die grundlegende Vorgehensweise beim Experimentieren Schwierigkeiten. So gelingt ihnen
die Überführung der theoretischen Konstrukte aus ihren Hypothesen in Eingabe- und Ausgabevariablen der Computersimulation
nicht immer (Lawson, 2002).
Durchführung von Experimenten: Auch die Durchführung von geeigneten Experimenten zur Überprüfung ihrer Hypothesen kann fehlschlagen, da Lernende beispielsweise
zu viele Variablen zeitgleich variieren (Keselman, 2003).
Verwendung eines "Ingenieursansatzes": Lernende greifen in Simulationen häufig auf einen "Ingenieursansatz" zurück, bei dem sie versuchen, einen bestimmten Zustand
in der Simulation herzustellen, anstatt Hypothesen zu testen (Schauble, Glaser, Duschl, Schulze und John, 1995).
Vorhersagen treffen und Ergebnisse interpretieren: Ihnen gelingt es zum Teil nicht, Vorhersagen zu treffen und sie begehen beim Interpretieren der Ergebnisse Fehler (Lewis,
Stern und Linn, 1993).
Planungs- und Überwachungsaktivitäten: Der Lernende tendiert außerdem dazu, nur kurzfristige Planungen bei der Beschäftigung mit der Simulation vorzunehmen und
überwacht seine eigene Vorgehensweise nicht adäquat (Manlove, Lazonder und de Jong, 2006).